1.感染性因素
絕大部分直腸肛管周圍膿腫由肛腺感染引起。
2.醫源性因素
臨床上屬醫源性引起的肛門直腸周圍膿腫也不少見。如因操作不當或藥劑不潔感染形成黏膜下膿腫；直腸周圍注射化學藥物刺激，引起組織壞死，造成直腸周圍膿腫；乙狀結腸鏡檢查，造成腹膜穿孔感染，引起直腸后間隙膿腫等。臨床上亦可見到肛門直腸手術引起感染，而形成的直腸周圍膿腫，以及尿道術后感染、會陰部術后感染、產后會陰破裂縫合后感染、尾骶骨骨髓炎術后感染等引起的膿腫。
3.其他
直腸內異物損傷后感染，放線菌病，直腸憩室炎感染，肛管直腸癌破潰或波及深部的感染，及身體虛弱，抵抗力低下，或患有慢性消耗性疾病，或營養不良，都是肛門直腸周圍膿腫的發病原因。