如果肝功能正常，不需服藥，一般也不要手術切除。除非巨大囊腫，出現壓迫癥狀者可以手術切除。如果一旦囊腫并發細菌感染，可先用抗生素治療，如果還是不能控制炎癥，可作所謂“開窗”術。即將囊壁切去一塊，引流其中液體。這種手術對身體健康影響不大。近年來有人主張將95%酒精注入囊腫，達到閉塞囊腫的目的。比較常見的肝腎囊腫大多是非寄生性，單發和多發的孤立性肝腎囊腫，與先天性的多囊肝有所不同，后者常伴有腎或其他臟器的多囊癥，約50%伴有多囊腎，多囊肝的囊腫可滿布肝臟，有些病人常以上腹腫塊為首發癥狀，終末期出現腹水，門脈高壓等肝功能不全的癥候。
隨著B超等影像學診斷方法的廣泛應用及其對肝腎囊腫的發現，肝腎囊腫由過去認為少見而一躍成為常見病。單發或多發孤立性肝腎囊腫多為良性疾病，預后良好。囊腫大小不等，大者直徑可達數十厘米，內含2000毫升以上囊液，小者只數毫米。多數病例囊腫發展緩慢，或發展至一定程度即停止。大多數無甚臨床癥狀，在體檢做B超時偶然發現。如囊腫較大，或有合并癥，如囊內出血，繼發感染，可有肝區疼痛或上腹痛及發熱等感染癥狀。因囊腫過大壓迫鄰近器官，也可有腹痛，嘔吐，黃疸等癥狀。大多數肝腎囊腫無需治療，如囊腫出現壓迫癥狀，可采用B超指引下囊腫穿刺抽液，減壓，緩解壓迫癥狀，為了預防囊液再次發生，可在囊內注射無水酒精硬化治療。
手術治療：除非病變局限于肝的一葉，且伴有癥狀；或疑有惡變者，一般多不主張手術治療。多囊肝當發現其中個別囊腫增大迅速，壓迫鄰近臟器，嚴重影響病人日常生活或心肺功能時，可以對較大的囊腫進行反復穿刺抽液。
若出現癥狀（如腰痛、血尿、高血壓、腎功能衰竭等），則需要手術治療，包括穿刺或切開囊腫，降低囊腫壓力，有時可以延緩病變的進展和腎功能衰竭，必要時進行透析療法。根治的方法需要腎移植。
人們所講的肝囊腫通常指非寄生蟲性肝囊腫。其真正的發病率尚不清楚，目前臨床上的病理有增多的趨勢，其原因與B超、CT等影象學診斷方法普及有關。