HCV是經血源性傳播的一類肝炎病毒。1989年美國的Chiron公司應用分子克隆技術率先將（HCV） cDNA克隆成功。HCV是用分子生物學技術發現的第一個人類病毒。HCV屬披膜病毒科，其生物性狀，基因結構與黃病毒、瘟病毒近似。目前已確認HCV為含有脂質外殼的球形顆粒，直徑30～60nm。HCV基因組是一長的正鏈、單股RNA，長約9.5Kb。HCV基因組有一大的編碼3010或3011個氨基酸的多元蛋白的開放閱讀框架（ORF）。編碼的多元蛋白體與黃病毒有明顯的共同結構：含結構蛋白（包括核心蛋白和包膜蛋白）和非結構蛋白（NS1-NS5）。
HCV是RNA病毒，屬黃病毒屬。由編碼區、5'-非編碼區和3'-非編碼區組成。較易變異，不同地區的分離株只有68.1%～91.8%的核苷酸相同，根據HCV的基因序列差異可分成不同的基因型。編碼區包括兩部分，即結構區與非結構區。前者較保守，后者易發生變異。結構區分C區、M區和E區，相應的編碼物分別是核心蛋白、基質和囊膜蛋白，由它們組成病毒顆粒。非結構區分別為NS1、NS2、NS3、NS4和NS5基因，相應編碼物依次為NS1、NS2、NS3、NS4和NS5蛋白。其中NS1蛋白可能是可溶性補體結合抗原，NS3為HCV-RNA的螺旋酶，NS5為HCV-RNA指導的RNA多聚酶，故結構蛋白的主要功能是HCV的一個特點，以C基因最保守，5'-非編碼區其次，E基因為高度可變區，編碼的囊膜蛋白抗原性的變異使病毒逃避宿主的免疫作用。
HCV體外細胞培養尚未成功。主在肝細胞內復制。
目前HCV基因分型尚無統一標準、統一方法。Okamoto將HCV分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四個基因型，按其分型，大部分北美、歐洲HCV株屬Ⅰ型。日本主要為Ⅱ型，亦有Ⅲ型及Ⅳ型。我國據王宇報道，北方城市以Ⅱ、Ⅲ型為主，南方城市則90%以上為Ⅱ型。