肽分布廣泛，目前從動、植物和微生物中分離的生物活性肽達幾百種之多，但尚且沒有較為一致的分類方法。
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按照分子量大小分為：
小肽：又叫小分子肽，是指僅由2～4個氨基酸構成的高活性肽；
寡肽：2-10個氨基酸組成的肽，分子量一般在1000道爾頓以下；
多肽：10-50個氨基酸組成的肽；
蛋白質：一般指51以上個氨基酸組成的肽。
02按分泌部位可分為：
內源性生物活性肽，即人機體內存在的天然生物活性肽，其特點是含量極少而效應極強，分布廣泛，目前已發現的就有成百上千種；
外源性生物活性肽，廣泛存在于動、植物和微生物體內的天然生物活性肽和蛋白質降解后產生的生物活性肽成分。又稱為食源性肽，可發揮與內源性活性肽相同的功能。
03按功能可分為：
生理活性肽，如抗菌肽、激素調節肽、神經活性肽、酶調節劑和抑制劑、免疫活性肽、礦物元素結合肽等；
食品感官肽，包括味覺肽(酸味肽、咸味肽、甜味肽等）、增強食品風味的肽等。
04按原料來源可分為：
陸地生物活性肽，從陸地動物蛋白質中獲得的生物活性肽，如牛骨肽、骨髓肽、膠原蛋白肽、驢皮肽（阿膠肽）等，從陸地植物蛋白質中獲得的生物活性肽，如大豆肽、苦瓜肽、大米肽、人參肽、芝麻肽、核桃肽等；
海洋生物活性肽，從海洋動物蛋白質中獲得的生物活性肽，主要有海參肽、鱈魚肽、海蠣肽等。