急性者需與急性膀胱炎、膽囊炎、胰腺炎、盆腔炎、腎周膿腫、闌尾炎等相鑒別。有高熱而尿路癥狀不明顯者，應與各種發熱性疾病相鑒別。
慢性腎盂腎炎需注意與腎結核、慢性腎小球腎炎、慢性前列腺炎等疾病相鑒別。伴有高血壓的慢性腎盂腎炎還需與原發性高血壓相鑒別。
