最初用于BFT檢測的方法是動物接種法，但動物對BFT的敏感性存在很大差別，而且動物接種法特異性較差，現已淘汰。
1992年以來，利用BFT能改變人類結腸癌衍生的連續腸上皮細胞系，HT-29/C1細胞（克隆的HT-29細胞）經BFT作用3h后出現圓形變，并且細胞簇散裂，敏感性、特異性分別達到89%和100%，純化BFT靈感度達0。1ng/ml。該方法的主要缺點為HT-29/C1細胞形態改變缺乏客觀評判標準，容易受實驗人員主觀因素的影響；HT-29/C1細胞的培養和厭氧菌的分離鑒定需要復雜的實驗條件和較高的技術要求并且費時。
PCR以BFT為檢測目標，1997年Pantosti等采用HT-29/C1細胞培養和PCR同時檢測113株來自培養物和糞便標本的BFT，結果表明兩者的實驗結果完全吻合，并且PCR的靈敏達105~104CFU/g糞便標本。Kato等用HT-29/C1細胞培養和PCR方法檢測188株從腸道外標本分離的Bf，結果發現35株Bf兩種方法均為陽性，而細胞培養法陰性，兩者的相符率達99%以上。Shetab等報道套用式PCR可將靈敏度進一步提高到103~102CFU/g糞便標本。由于糞便中存在的抑制物可降低PCR的敏感性。為了排除PCR抑制物的干擾，Weintraub等采用特異性單抗包被的磁球捕獲、分離細胞與PCR相結合的IMS-PCR方法直接檢測糞便是的ETBF，將靈敏度提高至0~50CPU/g糞便標本。PCR方法存在的主要問題：糞便及其他腸外標本均含有PCR抑制物，易導致PCR敏感性降低，造成假陰性結果；PCR以bft為檢測目標，如果存在基因不表達或死亡細菌殘骸，則易導致假陰性；PCR 方法費用較高。
此外，單克隆抗體檢測亦具有較高的敏感性和特異性。