預防腦膜炎奈瑟菌感染的關鍵是要盡快消除傳染源、切斷傳播途徑及提高人群免疫力。
我國1980年正式使用A群多糖菌苗，臨床觀察表明對學齡兒童和成人保護率可達90%。但此種疫苗對2歲以下嬰幼兒免疫原性差，其一是因為腦膜炎莢膜多糖抗原屬于T細胞非依賴抗原，免疫效果與接種者年齡有明顯的依賴關系；其二，多糖菌苗誘導機體產生的IgG抗體主要為IgG2亞類，出現較遲，一般到8～12歲才能上升至成人水平。因此，嬰幼兒接種多糖菌苗后往往以產生短暫的IgM抗體為主。國外采用A群和C群多糖與白喉毒素蛋白偶聯的偶聯菌苗接種8～10周齡的嬰兒，證明這種偶聯菌苗具有良好的免疫原性及安全性。
流腦的治療首選藥物為青霉素G，劑量要大。對青霉素過敏者，可用氯霉素或紅霉素。