1.檢測LC3II/LCI: lc3參與自噬的形成，自噬形成時，胞漿型LC3(即LC3-I)會酶解掉一小段多肽，轉變為(自噬體)膜型(即LC3-II)，LC3II升高代表自噬的啟動；
2.檢測P62：P62可以通過自噬來降解，因此P62可以反映自噬的強弱。當LC3 II升高，P62同時降低，表明自噬流通暢；如果LC3II 升高，P62升高，表明自噬起始正常，但下游不通，吞噬體和溶酶體不能融合。
3.除此之外，當自噬減退，如何鑒別其發生在自噬形成階段OR自噬降解障礙呢？
可以通過RFP-GFP-LC3雙標腺病毒檢測。GFP在酸性環境中降解，紅綠熒光merge后通過merge后出現的黃色斑點即只是自噬體.紅色的斑點指示自噬溶酶體。如吞噬體和溶酶體能正常融合，那么紅色熒光多于黃色熒光，如自噬下游阻滯，吞噬體和溶酶體不能正常融合，則主要為黃色熒光。