（一）直接法：用特異熒光抗體直接滴加于標本上。本法操作簡便，特異性高，非特異熒光染色因素少；缺點是敏感度偏低，需制備特異性的熒光抗體。
（二）間接法：可用于檢測抗原和抗體，普通一抗＋熒光二抗。靈敏度高，僅需一種熒光抗體。
（三）雙標記法：FITC及羅丹明分別標記不同的抗體，而對同一標本做熒光染色。
（四）熒光抗體染色結果判斷：在每次實驗時均需設立實驗對照（陽性和陰性對照）。陽性細胞的顯色分布有胞質型、胞核型和膜表面型三種類型。臨床上根據特異性熒光強度達“＋”（為熒光較弱但清楚可見）以上判定為陽性。