現在許多公司又認識到，他們早期的管道已經變得越來越薄弱。因此，早期藥物的發現研究最近重新成為這些公司經營的關鍵點。不過，他們在這一領域的研究策略已經發生顯著改變。
藥物發現一直是藥物研發漫長價值鏈的核心部分之一。然而，最近幾年，由于受到全球金融危機和“重磅炸彈”藥物ZL到期的壓力，幾乎所有制藥公司都在專注于后期階段候選藥物的開發。
但是，現在許多公司又認識到，他們早期的管道已經變得越來越薄弱。因此，早期藥物的發現研究最近重新成為這些公司經營的關鍵點。不過，他們在這一領域的研究策略已經發生顯著改變。
全球制藥行業新的研發策略在不斷演變。小分子虛擬藥物篩選模式原來一直是小型生物技術公司關注的重點業務，但現在不少大型制藥公司也采用相同的模式篩選藥物。
同時，所有的制藥公司都已經認識到，早期藥物發現不只是確認藥物對于一個靶點是否起作用，而是要驗證所識別的治療靶點與化合物之間的相互作用，并更好地理解疾病生物學、病理學的相關問題。因此，生物學導向藥物發現已成為當今醫藥行業的新趨勢，主要的制藥和生物制藥企業要比以往任何時候都更關注疾病生物學的進展，才能尋找到更準確的治療靶點，從而真正提高藥物研發的成功率。
原來早期藥物發現的任務主要是先導化合物的發現和優化，藥理性能的研究和優化，而疾病生物學主導的藥物發現現在還包括生物標志物的發現和驗證，以及離體條件下的治療概念證明。目前這種集成、跨職能的發現研究方法已廣泛實行。
隨著藥物發現研究策略和實踐的變化，主要的制藥公司也一直在改變他們的外包策略，從強調風險分擔模式更多的轉向了技術合作。發現新的治療靶點，徹底驗證它們已經成為藥物研發新的優先事項，所以集成式藥物發現外包模式已經成為普遍趨勢。
為此，制藥公司也比以往任何時候更積極介入學術界的研究發現。幾乎全球所有主要的制藥和生物制藥公司都與多家學術研究機構在最近幾年建立了密切的伙伴關系。此外，他們越來越多地把人類遺傳學研究整合到他們的發現和開發計劃中。基因組學和蛋白組學已在藥物開發時被廣泛采用，如伴隨診斷產品的開發和患者分層。
新的外包策略也正在創造更廣泛的合作，合作對象的范圍也在不斷擴大，原來的合作對象主要是同行，但現在還包括以技術為專長的生物技術公司以及專業的外包服務商，還有一部分參與藥物新的治療靶點識別和確認的學者。事實上，學術界已成為影響許多公司研發的第三個關鍵因素，他們不僅僅只是對疾病生物學進行純理論研究，也會在研究中發現新的生物標志物及其應用。
生物藥物，尤其是新型抗體，已成為與傳統的小分子藥物同樣重要的一類治療藥物。這就是為什么主要制藥公司十分重視生物藥物開發的原因。許多企業創造了小分子和生物制劑兩個獨立的藥物研發體系。
方法論上，生物藥物發現研究操作與小分子類似。不過，抗體對蛋白質和肽的化合物庫有很高的需求。同樣，抗體片段在規模上較小，而且自然抗體也被用在生物藥物開發研究中。然而，在這方面，最先進的技術是由專業的生物技術公司開發的。在很大程度上，大型制藥公司目前依靠這些專業的生物技術公司的新技術來填補他們的管道。
到現在為止，藥物發現研究中最有價值的是建設不同結構的化合物庫。專門從事醫藥外包市場研究的公司JZMed發布最新研究報告《全球藥物發現外包的新趨勢》指出，藥物研發最初是利用領先發現平臺或高通量篩選平臺進行數千種化合物的篩選。然而，這種類型的研發工作，特別依賴于小分子化合物庫建設，但很少有制藥公司愿意參與庫的建設，因為多數藥物發現是被外包的，尤其是外包給低成本的新興國家。近年來，新興國家，尤其是中國和印度，已經成為全球制藥公司尋找具有多樣化的結構特征小分子化合物庫的主要地方。
另一方面，新興國家一些服務公司現在也能夠提供綜合藥物研發服務。跨國制藥企業也因此擴大了他們的發現研究外包范圍，同時在這些國家加強與當地合作伙伴的關系。
根據研究，在過去的幾年中，全球藥物研發外包市場一直在以年均復合增長率(CAGR)約10.5%的速度增長。其目前的市場規模估計為130億美元，占當前全球藥物研發支出的近10%。小分子藥物發現外包服務市場約占全球外包服務的87%，達到約112.5億美元，2009年至2012年之間，其年均復合增長率為11%左右。目前的生物藥物研發外包市場估計只有約17.5億美元，占總外包服務的13%，然而，其年均復合增長率在2009年至2012年之間為37%左右。
各大公司的小分子藥物發現研究目前平均外包滲透率估計為40%。但是，生物藥物發現研究目前的平均外包滲透率只有15%左右。藥物發現研究外包整體平均滲透率目前約為30%。
所有制藥公司都具有提高研發工作效率和生產力的強烈愿望，全球藥物研發外包市場有望在可預見的未來呈現增長趨勢。根據預測，全球藥物研發外包市場在2013 年至2018年將可能以年均復合增長率約11.5%的速度增長，其市場大小可能在2018年達到近250億美元，屆時，藥物外包研究發現的全行業總體平均滲透率將有可能達到近49%。換句話說，全球近一半的藥物發現研究在2018年將由第三方完成。
到2018年，在全球市場中，小分子藥物發現外包將有可能占3/4，達到近190億美元，生物藥物研發外包將可能占到1/4左右，也將會超過60億美元。
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