1. 制備裂解液；
2. 溶液內或凝膠內進行酶切；
3. 使用離液劑（如尿素和胍）使蛋白質變性；
4. 使用DTT還原二硫鍵；
5. 使用碘乙酸或碘乙酰胺將半胱氨酸烷基化；
6. 去除試劑和交換緩沖液；
7. 在適當的pH和溫度下，用胰蛋白酶或其他蛋白酶在碳酸氫銨緩沖液中過夜變性約18小時；
8. 加入酸類物質終止酶切。
9. 蛋白質富集/清洗。
