巴柳氮鈉到達結腸后，腸道細菌產生的偶氮還原酶將其裂解，釋放出分子中的治療活性部分5-氨基水楊酸和載體分子4-氨基苯甲酰基-β-氨基丙酸。
吸收：在健康受試者中，原形巴柳氨鈉的全身吸收非常低且有個體差異。單次口服1.5克或2.25克1-2小時后達到平均Cmax。
分布：人體血漿蛋白結合率≥99%。
代謝：在血漿、尿及糞便中檢出此化合物的偶氮還原的產物5-氨基水楊酸和4-氨基苯甲酰基-β-氨基丙酸及它們的N-乙酰化代謝物。
消除：受試者健康單次或多次服用巴柳氮，[1%的口服劑量以原形、5-氨基水楊酸和4-氨基苯甲酰基-β-氨基丙酸形式在尿中排出，而]25%的口服劑量以N-乙酰化代謝物排出。在對10個健康志愿者的研究中，巴柳氮單次劑量2.25克，65%以5-氨基水楊酸、4-氨基苯甲酰基-β-氨基丙酸及N-乙酰化代謝物在糞便中排出，而[1%的口服劑量以原形排出。