連接酶在EC編號中分類為EC6，并再細分為6個子類：
EC6.1包括形成C-O鍵的連接酶
EC6.2包括形成C-S鍵的連接酶
EC6.3包括形成C-N鍵的連接酶
EC6.4包括形成C-C鍵的連接酶
EC6.5包括形成磷酯鍵的連接酶
EC6.6包括形成N-金屬鍵的連接酶
