診斷標準
1.在本病流行地區，夏秋季節，于1～3周內有疫水接觸史或病畜接觸史。
2.臨床上出現寒熱，酸痛，全身乏力，眼紅，腿痛，淋巴結腫大等三癥狀，三體征。
3.出現神經系統損害的臨床表現；或在患過鉤體病后半月到9個月出現腦血管病樣表現和周圍神經損害的表現。
4.結合血清學檢查，即可做出診斷。
但對本病的確診，應有病原學的依據，患者的血，腦脊液和尿培養可發現病原體，但難以達到早期診斷的目的，血清免疫學檢查，不論在急性期或免疫期，均有助于確診，尤其對于沒有急性期表現的腦動脈炎患者有意義。
凝集溶解試驗（MAT）效價達到或超過1∶400為陽性；病后l周出現，15—20天達高峰，可持續多年，也可用補體結合試驗，間接凝集試驗測定鉤端螺旋體特異性抗體，有助早期診斷，近年用鉤體抗體致敏乳膠進行反向乳凝試驗，于病初3天內可查出鉤體抗原，3～5min出結果，簡便，快速，敏感，有早期診斷價值。
纖維素膜漬片法（DSA）是新近發展的一種方法，用鉤體廣譜反應原浸漬纖維素片制成試紙樣檢測條，以檢測鉤體特異性IgM抗體（張志安等，2000），研究證實，DSA對于鉤體病的診斷和快速篩查具有實用價值。
鑒別診斷
在急性期應與流感，傷寒，細菌性敗血癥，結核，各種腦膜腦炎，病毒性肝炎，瘧疾等鑒別。
鉤端螺旋體性腦動脈炎注意與各種其他原因所致的腦動脈炎相區別。