MSC可通過旁分泌或細胞間接觸發揮免疫調節作用，且其免疫調節具有很強的可塑性，可以說具有雙向調節作用：根據局部微環境刺激因子的種類和數量不同，MSC可作出不同的反應。例如，在大量促炎因子(如IFN-γ，TNF-α等)刺激下，MSCs被激活轉變為抗炎MSC2型，產生大量的NO/IDO等免疫調節因子以及趨化因子，抑制效應性T細胞的功能，上調調節性T細胞(Treg)。
