間接型頸動脈海綿竇瘺的臨床表現取決于引流靜脈的部位、大小，與供血動脈關系不大。臨床上可以毫無癥狀，也可以出現致命的腦內出血。最多見的臨床癥狀有：
1.突眼
約占一半。
2.顱內雜音
大部分的患者會出現顱內雜音，劇烈運動時雜音增強，壓迫患側頸總動脈雜音減輕或消失。
3.顱內出血
可表現為蛛網膜下腔出血、硬膜下血腫或腦內血腫。
4.視力減退
占少部分，嚴重時患者在數小時內完全失明；較輕度的視力減退經治療可能恢復，但完全失明的患者，即使瘺口閉塞，視力也無法挽救。
5.頭痛
也較常見，可為海綿竇內壓力增高導致顱內壓增高，或擴張的動靜脈刺激腦膜、壓迫三叉神經半月節，甚至是少量硬腦膜下腔或蛛網膜下腔出血的刺激等引起。
上述癥狀與直接型瘺相比大多較輕，病程也較緩慢。