負責對細胞合成的蛋白質進行加工，分類，并運出，其過程是RER上合成蛋白質→進入ER腔→以出芽形成囊泡→進入CGN→在培養基(medial )Gdgi中加工→在TGN形成囊泡→囊泡與質膜融合、排出。
高爾基體對蛋白質的分類，依據的是蛋白質上的信號肽或信號斑。
根據早期光鏡的觀察，已有人提出高爾基體與細胞的分泌活動有關。隨著現代科學的發展，運用電鏡、細胞化學及放射自顯影技術更進一步證實和發展了這個觀點。高爾基體在分泌活動中所起的作用，主要是將粗面型內質網運來的蛋白質類的物質，起著加工（如濃縮或離析）、儲存和運輸的作用，最后形成分泌泡。當形成的分泌泡自高爾基囊泡上斷離時，分泌泡膜上帶有高爾基囊膜所含有的酶,還能不斷起作用，促使分泌顆粒不斷濃縮、成熟，最后排出細胞外。最典型的，如胰外分泌細胞中所形成的酶原顆粒。放射自顯影技術證明，高爾基體自身還能合成某些物質,如多糖類。它還能使蛋白質與糖或脂結合成糖蛋白和脂蛋白的形式。在某些細胞（如肝細胞），高爾基體還與脂蛋白的合成、分泌有關。