在大多數真核生物中，高爾基體由一系列隔室組成，是一組融合的、扁平的膜封閉圓盤，稱為池（單數：池，也稱為“dictyosomes”），起源于從內質網。一個哺乳動物細胞通常包含40到100疊池。4到8個蓄水池通常堆疊在一起；然而，在一些原生生物中，已觀察到多達60個蓄水池。這組蓄水池分為順式、內側和反式隔室，構成兩個主要網絡：順高爾基網絡（CGN）和反高爾基網絡（TGN）。CGN是xxx個水池結構，而TGN是最后一個結構，蛋白質從中被包裝成囊泡，最終到達溶酶體、分泌囊泡或細胞表面。TGN通常位于堆棧附近，但也可以與堆棧分開。TGN可以作為酵母和植物的早期內體。
真核生物之間的高爾基體存在結構和組織差異。在一些酵母中，沒有觀察到高爾基體堆積。PichiaPastoris確實堆積了高爾基體，而Saccharomycescerevisiae沒有。在植物中，高爾基體的各個堆棧似乎獨立運作。
在合成和分泌大量物質的細胞中，高爾基體往往更大、更多；例如，免疫系統的分泌抗體的漿B細胞具有顯著的高爾基復合體。
在所有真核生物中，每個腦池堆都有一個順式入口面和一個反式出口面。這些面孔的特點是獨特的形態和生物化學。在單獨的堆棧中是負責選擇性修飾蛋白質貨物的各種酶。這些修飾影響蛋白質的命運。高爾基體的分隔有利于分離酶，從而保持連續和選擇性的加工步驟：催化早期修飾的酶聚集在順式面池中，催化后期修飾的酶存在于高爾基堆的反面池中。