糖尿病
C肽水平測定可應用于糖尿病分型及了解糖尿病患者胰島B細胞的功能。無論1型或2型糖尿病患者，初病時都應通過檢測C肽或胰島素水平以判斷胰島B細胞功能。由于外周血中C肽被肝細胞攝取少，更能反應胰島B細胞分泌時濃度，加之其基礎清除率穩定，不受多種因素影響，故C肽釋放試驗曲線下面積優于胰島素釋放試驗，更能代表胰島B細胞功能。另外，對于應用外源性胰島素的測定，由于C肽 與胰島素抗體無交叉反應，不受胰島素抗體干擾，外源性胰島素又不含C肽，故C肽測定顯得更為重要，從而了解胰島B細胞功能情況，對于指導治療有積極作用。
低血糖
懷疑患有胰島素瘤的病人發生低血糖時，測定血糖與胰島素比值有助于診斷。而就用外源性胰島素治療的病人發生低血糖，測定C肽可鑒別其低血糖發生的原因，是由于胰島素使用過量還是進食不足。
胰島移植
接受胰島移植的病人，一般都需應用胰島素治療。了解胰島移植是否存活除監測血糖外，還應測定C肽以了解移植后胰島B細胞的分泌功能。
肝腎疾病
患肝炎或肝硬化時，肝臟對胰島素攝取減少，血中胰島素水平有升高趨勢，而C肽受其影響小，血中C肽與胰島素比值降低。發生腎病時C肽降解減慢，血中C肽水平升高，C肽與胰島素比值明顯高于正常。
臨床價值
由于C肽不受胰島素抗體的干擾，對于接受胰島素治療的病人測定C肽，可判斷胰腺的胰島素分泌功能。對于經常發生低血糖的患者，測定C肽如超過正常范圍，可認為是胰島素分泌過多導致，如低于正常，則為其它原因所致。測定C肽有助于鑒別糖尿病的臨床類型，了解病人的胰島功能及臨床胰島素治療效果。測定C肽有助于胰島素瘤的診斷及手術的效果評定，若術后血中C肽水平仍很高，說明胰島素組織有殘留。若在隨訪中，C肽水平不斷上升，提示腫瘤復發或轉移的可能性大。
尿C肽測定
生理狀態下每日尿中排出C肽占4%，因尿C肽可反映受檢者一段時間內血中C肽的平均值，兩者相關性好，且尿C肽具有不受胰島素原的影響，留取標本方便等優點，近年來尿C肽測定已被國內外所采用。方法為留24小時尿，加防腐劑，記錄總量后取部分尿送檢，測定尿C肽濃度，正常值范圍 （81±36）/微克/24小時。