一、 環境和液流的消毒
1、 準備足量的無菌1×PBS（3L左右）和去離子水（10L左右）。PBS和去離子水可高壓滅菌，sheath桶和裝DI水的5L小桶依次用75％醫用酒精和無菌去離子水各涮洗三次，然后將無菌PBS和去離子水分別注入相應桶內即可。
2、 房間在分選前紫外燈照射15－20分鐘；用1:50新潔爾滅拖地；用75％醫用酒精擦拭工作臺和收集架；用75％醫用酒精噴灑分選細胞收集區和上樣區。
二、 開機和管道的消毒
1、 將Sheath液換為活性氯濃度為0.5%的次氯酸鈉溶液（不要用75％的酒精），開機。開機前，先掀起流動室和分選室的罩蓋，開啟電源，打開計算機并等計算機進入WINDOWS系統后，打開激光電源，運行FACSDiva軟件，聯機成功后，執行Fluidics startup命令。然后從FACSDiva的sort菜單進入sort setup，選擇合適的液流壓力（high、 middle、low）。一般來說，100μm的噴嘴選用Low，而70μm的噴嘴選用middle。
2、 打開breakoff window，點擊顯示窗上的液流開關，檢查液流是否正好流入廢液槽中間和液流的形態是否正常。如果出現異常，可以通過調整噴嘴的位置，改變Breakoff 窗口的Amplitude的大小和打開Attenuation開關等來進行調整。（具體操作可參考Instrument User’s Guide的194－200頁），直至液流形態和位置符合分選要求。
3、 在上樣管中裝入1ml 活性氯濃度為0.5%的次氯酸鈉溶液,將上樣管放在上樣架上，點擊Acquisition窗口的Load開關，運行15－20分鐘后，點擊Unload開關，取下上樣管。
4、 將Sheath液換為無菌PBS，先后執行Fluidics shutdown和Fluidics startup程序各一次。
通過上述操作完成了環境和管道的消毒，為分選準備了無菌的環境，在后續的操作中應注意保持，以確保分選樣本不被污染。
二、 分選相關參數的調節
1、 在side－stream window中，打開Voltage開關，確定在打開Voltage開關后，液流沒有偏離中心位置，如果有偏離可以調整Voltage center，使其回到中間位置。
2、 打開Test Sort，通過調整電壓的大小來調整side stream的位置。讓side stream能夠正好落入收集管的相應位置中。
3、 點擊Browser中的Experiment圖標，創立一個新的Experiment，并改名為Accudrop。
4、 在Sheet或者Template中創立FSC圖，并畫一個可以包含所有Plot的gate。
5、 打開Sort Layout，將Precision mode設置為purify，Target Events設置為continuous。
6、 上一管裝有Accudrop Beads的樣品管。
7、 調整速率，使獲取速度為2000－4000events每秒。注意速率不要超過4。
8、 點擊打開Voltage，點擊sort按鈕，點擊Optical Filter，調節drop delay，使屏幕左邊的方框中的數值為98％以上，即調整好了drop delay。Drop delay是影響分選質和量的重要指標，一定要調整好。
通過上述操作即完成了全部的分選前的環境消毒和某些參數的調試工作，后續和分析無較大差別。
在整個的無菌分選過程中，要時刻注意保持無菌的環境，注意觀察液流的形態和位置。當液流出現異常時，一定要停止分選，及時的調整，因為正確的液流形態和位置是保證分選純度的前提條件。當分選結束后，應該及時將Sheath液換為去離子水，并執行Fluidics shutdown和Fluidics Startup程序各兩次，用去離子水徹底的沖洗管道，以免PBS在管道中沉積，結晶。