一般而言，HILIC色譜柱用淋洗液保存即可。若需要長時間保存，需要向柱內泵入3%硼酸溶液，然后取下柱子，用無孔接頭將柱子兩端堵死，放在通風干燥處保存。短時間不用，建議每周開機一次。
當色譜柱被玷污后，柱效會有所下降，保留時間縮小，分離度下降。清洗時，將色譜柱與抑制器分離，讓廢液直接排出流速不宜過快1ml/min即可，每次清洗后，應該用去離子水沖洗10分鐘以上，再用淋洗液平衡系統。
HILIC色譜柱的清洗應該用哪種溶劑呢？
建議使用有機溶劑乙腈來清潔C18或者C8、硅基HPLC色譜柱。THF是一種強倒相有機溶劑，很難從疏水性鍵合相上清除，從而導致色譜可變性，不宜使用。大多數情況下，乙腈這種強溶劑足以清除日常使用期間聚積在色譜柱上的樣品和流動相成分。
然而用有機溶劑清潔色譜柱之前，一定要保證已經清除流動相和色譜柱中可能殘留的緩沖鹽，這可以避免這些鹽在色譜柱中沉淀。
為此事先應確保流動相中沒有緩沖鹽，然后用這種混合物（15-20倍柱體積）沖洗色譜柱。也就是說，如果流動相是50％乙腈和50％50mM磷酸鹽緩沖液，那么首先應該用50/50（v/v）乙腈和水的混合溶液來清除緩沖鹽。接著建議用30-40倍柱體積的純乙腈徹底沖洗色譜柱。如果認為色譜柱頂部可能有微粒，應該考慮從檢測器上拆下色譜柱并反轉流向，然后再開始清潔步驟。不要把色譜柱重新連接到檢測器上，可以把清潔溶劑收集到一個有傾口的燒杯中。
長期儲存色譜柱時一般都建議使用乙腈，按照上述步驟清潔之后，可方便地儲存色譜柱。準備重新使用這個儲存的溶劑時，記住一定要用不含緩沖鹽的流動相沖洗色譜柱，然后再引入緩沖后的流動相，這能再次降低鹽沉淀的可能性。
不推薦用洗滌劑來清潔反相（RP）HILIC色譜柱。離子洗滌劑通常是一端帶一個離子化基團的長鏈碳化合物，一般用作離子配對試劑。因為這些長碳鏈能與反相色譜柱的鍵合相很牢固地結合起來（如C18反相色譜柱的鍵合相能牢固地保留洗滌劑的長碳鏈)，因此很難清除。
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