MinION測序儀再次開放試用

　　英國Oxford Nanopore Technologies公司近日宣布，它重新開放了MinION測序儀的早期試用計劃，希望吸納更多用戶來參與。同時，越來越多的計劃參與者開始展示和發表他們的結果。

　　在上周舉行的AGBT 2015大會上，英國基因組分析中心和美國冷泉港實驗室的研究人員就介紹了利用MinION數據的實時監控方法、cDNA測序以及de novo基因組組裝。

　　早期試用的用戶也在發表此技術的新應用和數據分析方法。2月，加州大學圣克魯斯分校的Mark Akeson團隊在《Nature Methods》雜志上發表文章，介紹了一種適用于納米孔數據的單核苷酸變異檢測工具。研究人員表示，他們能夠從無法分辨的人類染色體Xq24區域上分辨出一個癌基因的拷貝數。

　　此外，其他研究小組也展示了僅僅利用MinION數據對細菌基因組進行de novo組裝，或在利用Illumina reads進行錯誤校正后，利用MinION數據進行酵母基因組的de novo組裝。研究人員還展示了宏基因組測序、人類基因測序、細菌抗生素耐藥性區域鑒定以及細菌疫情分析的結果。

　　Oxford Nanopore在2013年底啟動了MinION測序儀的早期試用計劃，并在2014年2月宣布了計劃的參與者。4月份，MinION陸續達到申請者的手中。該公司介紹，到目前為止，早期試用計劃的重點是DNA測序，但它預計將包含RNA和蛋白質的直接分析。

　　Oxford Nanopore表示，這一技術經過了幾方面的改進。首先，文庫制備試劑盒已經更新了數次，使得數據準確性提高，操作流程縮短，且穩定性更好。同時，公司還引入了新的文庫制備試劑盒和操作方案，以實現更多應用，如cDNA測序以及基因組DNA的添加條形碼。

　　其次，Oxford Nanopore已經售出了三個版本的流動槽，每次都增加了納米孔的數量，以及數據產量和質量。通過增加2D reads的比例，也就是結合正向鏈和反向鏈的reads來提高準確性，數據質量得到全面提高。

　　最后，儀器控制軟件MinKnow也已更新了好幾次。例如，數據采樣頻率的改變提高了產量和準確性。據介紹，云端的堿基檢出軟件Metrichor將演變為更全面的分析和服務。Metrichor的分析算法及其他方面已經過更新，可改進數據質量和分析速度，而用戶也開發出各種各樣的數據分析工具。