【操作】
1.RNA的提取見前。
2.變性膠的制備:取瓊脂糖0.2g,加入 DEPC H2O 12.4ml,加熱熔化,冷卻至 60℃時加入5×甲醛凝膠電泳緩沖溶液4.0 、37%甲醛3.6ml、混勻、制膠。待膠凝固后,置于1×甲醛凝膠電泳緩沖溶液中預電泳5min。
3.樣品制備 取總RNA4.5 ,加入5×甲醛凝膠電泳緩沖溶液4.0 、37%甲醛3.6 、甲酰胺10、于65℃溫浴15分鐘,水浴冷卻。加入上樣緩沖液2 。
4.電泳 上樣(約15~40 ),50V電泳(電泳約2小時), 直至染色劑跑到凝膠邊緣為止。用已知相對分子質量的RNA作標準參照物,如用18s和28srRNA或者9s兔β珠蛋白的mRNA,這些RNA的長度分別為6333,2366和710個核苷酸。
5.電泳結束后,切下相對分子質量標準參照物的凝膠條, 浸入含溴乙啶的染色液中浸泡30~40分鐘,紫外燈下照相,測量每個RNA條帶到加樣孔的距離。以RNA片段大小的Ig值對RNA條帶的遷移距離作圖,以此計算雜交相對分子質量的大小。
6.將變性RNA轉移至硝酸纖維素濾膜
(1)將凝膠用刀片切割,切掉未用掉的凝膠邊緣區域,把含有變性RNA片斷的凝膠轉至玻璃平皿中。
(2)在一個大的玻璃皿中放置一個小玻璃皿或一疊玻璃作為平臺,上面放一張Whatman3MM濾紙,倒人20×SSC緩沖溶液使液面略低于平臺表面,當平臺上濾紙濕透后,用玻棒趕出所有氣泡。
(3)將 NC膜切割成與凝膠大小一致的一塊,用去離子水浸濕后轉入20×SSC緩沖液浸泡半小時。注意不能用手直接接觸NC膜。
(4)凝膠置于平臺上濕潤的3MM濾紙中央,濾紙和凝膠之間不能有氣泡。
(5)將NC膜放在凝膠上,小心不要使其再移動,趕出氣泡,做好記號。
(6)NC膜上覆蓋另一層Whatman 3MM濾紙(用20×SSC緩沖溶液預先浸濕),再次趕出氣泡,依圖所示加上紙巾、玻板、重物,使NC膜上的RNA發生毛細轉移,轉移需6~18小時,紙巾濕后應更換新的紙巾。
(7)取下NC膜,浸入6×SSC緩沖溶液(由20×SSC緩沖溶液稀釋得到)中,5分鐘后取出晾干,放在兩層濾紙中間,于80℃真空爐中烘烤0.5~2小時。烘干的膜用塑料袋密封,4℃保存備用。
7.探針標記
(1) 取模板DNA25ng于0.5ml離心管中,95~100℃變性5min,冰浴5min。
(2) dNTPmix制備:取dGTP 1 、 dATP1 、dTTP1 混勻。
(3)將下列反應成分混合,加入上述微量離心管中:
dNTPmix ,BSA(10mg/ml) ,5×buffer , Klenow 酶 ,αdCTP
加入適量ddH2O使反應總體積為50 ,輕輕混勻。室溫下反應1h。
8. 預雜交 將膜的反面緊貼雜交瓶,加入預雜交液5ml,42℃預雜交3h。
9.雜交 將變性的探針(95~100℃變性5min,冰浴 5min)加入到預雜交液中,42℃雜交16h。
10.洗膜:傾去雜交液,2×SSC/0.1% SDS,室濕洗15min,0.2×SSC /0.1% SDS,55℃洗15min×2次。
11.壓片 將膜用雙蒸水漂洗片刻,用濾紙吸去膜上水分。用保鮮膜將尼龍膜包好,置于暗盒中,在暗室中壓上X光片。暗盒置-70℃放射自顯影7天左右。