1、樣本間交叉污染：
收集樣本的容器被污染或樣本密封不嚴外溢；不同樣本移液時忘記更換槍尖或未使用帶濾芯槍尖；移液器等實驗器具及耗材未及時消毒滅菌；不同樣本同時開蓋或樣本劇烈震蕩、反復吹吸導致氣溶膠形成擴散，相互交叉污染。
2、實驗試劑污染： 主要是在 PCR 組分試劑加樣過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。 加樣過程中，因為 PCR 試劑對溫度十分敏感，需要通過冰浴使得 PCR 試劑和 PCR 板/管處于 0℃，但這個過程也是充滿了污染的風險的。
3、擴增產物污染： 大量拷貝的產物泄漏或擴增后的PCR反應管意外開蓋，這是 PCR 反應中最主要最常見的污染問題。因為 PCR 產物拷貝量大，遠遠高于 PCR 檢測數個拷貝的極限，所以極微量的 PCR 產物污染，就可形成假陽性。
4、克隆質粒污染： 作為陽性質控品的克隆質粒外溢。