dek35影響nad4內含子1的剪切
由于PPR蛋白可以與對應的線粒體或者葉綠體RNA互作，因此研究人員對dek35突變體胚乳以及野生型胚乳的線粒體轉錄本進行了分析。研究人員使用特異的引物擴增了線粒體cDNA，在35個基因中，只有nad4的成熟轉錄本在dek35中顯著下降（圖5）。進一步研究發現，nad4內含子1在dek35中顯著下降導致了全長成熟轉錄本表達量下降。
dek35影響了線粒體復合物I的聚集
為了深入研究線粒體的呼吸復合物，研究人員分離了dek35 線粒體蛋白并且進行了非變性的BN-PAGE電泳。電泳結果顯示，復合物I含量顯著下降（圖6）。該結果證明了nad4內含子1的剪切影響導致了復合物I功能的下降（圖7）。
dek35影響了線粒體的正常功能
研究人員為了對dek35在籽粒發育過程中的作用有全局性的了解，分別選取了的dek35胚乳以及野生型胚乳進行了RNA轉錄組測序（RNA-Seq服務由伯豪生物提供）。經過數據分析，一共篩選到了4720個差異基因，其中632個基因具有功能注釋。在GO歸類后，研究人員發現，這些基因主要聚集于mitochondrial inner membrane (GO:0005743, P-value=2.2E-07), ATP synthesis coupled proton transport (GO:0015986, P-value=0.00043), protein targeting to mitochondrion (GO:0006626, P-value=2.0E-05) and cytochrome-c oxidase activity (GO:0004129, P-value=0.0024) （圖8）。
dek35突變體線粒體形態變化顯著
為了對dek35突變體線粒體有深入的表型觀察，研究人員最后還通過透射電鏡觀察了突變體與野生型的表型變化。結果發現，突變體的線粒體呈現畸形的表型（圖9）。
研究結論
dek35與dek2同樣編碼了一個定位于線粒體的P-type PPR蛋白。dek35突變導致了顯著的該基因蛋白水平的下降，降低了對nad4內含子1剪切效率（dek2是降低nad1內含子1的剪切效率）。對dek35突變體線粒體復合物的分析發現，dek35未成熟籽粒表現出了復合物I顯著的缺失以及NADH脫氫酶活性顯著下降。對dek35突變體籽粒進行轉錄組測序發現，呼吸相關基因表達量顯著升高，線粒體功能相關基因表達量變化顯著。該結果表明dek35突變體是一個新的PPR蛋白影響了線粒體nad4內含子1的順勢剪切。并且對籽粒發育至關重要。
原文出處：Chen X, Feng F, Qi W, Xu L, Yao D, Wang Q, Song R. Dek35 Encodes a PPR Protein that Affects cis-Splicing of Mitochondrial nad4 Intron 1 and SeedDevelopment in Maize. Mol Plant. 2016.