一顆臼齒測出迄今最古老人類基因組

在近日于墨西哥巴亞爾塔港舉行的2024年分子生物學和進化學會（SMBE）年會的一場會議上，德國馬克斯-普朗克進化人類學研究所群體遺傳學家Stéphane Peyrégne，報告了從20萬年前男性身上發現的新的丹尼索瓦人基因組。該基因組是迄今最古老的高質量人類基因組，比之前的紀錄保持者——生活在大約12萬年前的尼安德特人還要早8萬年。

這是14年前發現神秘古人類——丹尼索瓦人以來，研究人員通過骨骼化石發現的第二個基因組。第一個丹尼索瓦人基因組來自一個8萬年前到6萬年前女孩——丹尼索瓦3的小指骨。

丹尼索瓦人和尼安德特人的基因組來自同一個寒冷且化石豐富的地區——位于西伯利亞阿爾泰山脈的丹尼索瓦洞穴。

研究人員主要是通過DNA來了解丹尼索瓦人的。除丹尼索瓦3的基因組外，研究人員還從另外7個個體零碎牙齒、腳趾骨化石中，獲得了核DNA和線粒體DNA片段。而這些化石都來自丹尼索瓦洞穴。

研究人員還在現在的巴布亞人和漢族人等體內發現了一些丹尼索瓦人的DNA，這些DNA是從過去的雜交繁衍中獲得的。

丹尼索瓦洞穴的挖掘工作一直在持續，俄羅斯科學院（RAS）考古學家Maxim Kozlikin在丹尼索瓦洞穴20萬年前的沉積層發現了一顆男性臼齒。RAS團隊將其送往馬克斯-普朗克研究所。在那里，進化遺傳學家提取了足夠的DNA，使基因組測序覆蓋度達24倍，發現其不屬于已測序的基因組。于是Peyrégne和同事在計算生物學家Janet Kelso的實驗室，將新的DNA序列與尼安德特人、其他丹尼索瓦人和現代人的DNA序列進行比較。

根據Peyrégne和同事的分析，這名丹尼索瓦男性——丹尼索瓦25來自一個與丹尼索瓦3不同的早期丹尼索瓦人群體。他還從一個古老的、此前未知的尼安德特人群體中繼承了5%的基因組，表明丹尼索瓦25所在群體被后來的群體取代。數據還表明，丹尼索瓦25的祖先曾多次與尼安德特人交配繁衍。

從中國發現的一塊下頜骨化石表明，丹尼索瓦人臼齒比尼安德特人更大，下面部很結實。但由于化石稀少，沒有人知道丹尼索瓦人到底長什么樣。

Peyrégne介紹，根據大約12萬年前的化石，丹尼索瓦人在洞穴中顯然被尼安德特人取代了一段時間。到大約6萬年前，丹尼索瓦人搬了回來。因此這兩個群體甚至可能在洞穴里見過面。一名5萬年前女性骨骼化石的DNA顯示，她的母親是尼安德特人，而父親是丹尼索瓦族人。DNA和化石證據都表明后來現代人類占領了這個洞穴，丹尼索瓦人和尼安德特人消失了。Peyrégne說，該地區是各種人交匯的“十字路口”。