全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（一）
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer”發表在著名學術期刊《Cell》(IF 31.4)上。接下來，就一起來看下研究人員是如何利用高通量測序技術RNA-seq和大規模shRNA文庫技術揭示circRNA在局限性前列腺癌中表達特征和生物功能的。文章導讀：前列腺癌是人類特有的疾病，在歐美是男性最常見的惡性腫瘤之一，在美國前列腺癌發病率占第1位，死亡率僅次于肺癌。加拿大多倫多大學的研究者首先選取了144例有詳細臨床信息的前列腺癌樣本，進行全轉錄組測序（RNA-seq），共識別鑒定了7千多個circR......閱讀全文
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
中科院JBC文章揭示轉錄調控新機制
來自中科院廣州生物醫藥與健康研究院、吉林大學等機構的研究人員證實，凝集蛋白復合體負向調控了基因組調控蛋白CTCF介導的核糖體RNA基因轉錄。這項工作發表在7月24日的《生物化學雜志》(JBC)上。 中科院廣州生物醫藥與健康研究院的姚紅杰(Hongjie Yao)是這篇論文的通訊作者。其主要
科學家揭示細胞更新轉錄調控新機制
中國科學技術大學教授劉行、姚雪彪，研究員王志凱合作，發現了書簽標識因子FOXA1在細胞有絲分裂期過程中DNA結合模式轉變的磷酸化調控機制，以及FOXA1轉錄凝聚體的形成與功能發揮的分子基礎。9月13日，相關研究成果在線發表于《細胞報告》。細胞更新是生命的源泉，其質量控制是個體發育與生命健康的基礎。細
科學家揭示水稻轉錄因子高產抗病調控機制
近日，《科學》在線發表了四川農業大學陳學偉團隊、中科院遺傳與發育生物學研究所李家洋院士團隊及美國加州大學戴維斯分校Pamela Ronald團隊合作在水稻產量與抗病協同調控機制研究領域取得的最新進展，揭示了水稻理想株型建成的關鍵基因IPA1既能提高產量又能提高稻瘟病抗性的調控新機制。 高產抗病
中國科大揭示細胞有絲分裂期轉錄調控動態機制
中國科學技術大學生命科學與醫學部教授瞿昆課題組和合肥微尺度物質科學國家研究中心特任研究員王志凱團隊合作，揭示了細胞有絲分裂期轉錄調控動態機制。相關成果日前果發表于《科學進展》。細胞在進入有絲分裂時，通常伴隨著染色質的逐漸固縮和基因轉錄的顯著減少，而當細胞退出有絲分裂時，子細胞的染色質狀態和基因轉錄又
分子植物卓越中心揭示天然反義轉錄本調控機制
近期，中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所研究員何玉科研究組在Nature Communications上，發表題為Natural antisense transcripts of MIR398 genes suppress microR398 processing and a
影響因子高達7.8分的直腸癌轉移肝癌環狀RNA文章思路解析
云序客戶發表首篇直腸癌轉移肝癌環狀RNA文章，影響因子高達7.8分!? 文章導讀： 在非編碼RNA的大家族中，環狀RNA是近年來繼microRNA和lncRNA之后又一個明星成員。因其3’-5’端成環，所以在生物體中具有穩定性高，不易被降解的特性。大部分環狀RNA通過直接或間接調控m
5篇m6A甲基化文章教你如何使用純測序數據
文章導讀2019年m6A修飾曾創下單月發表100+篇10分影響因子文章佳話。2020年1月17日何川教授團隊最新Science揭示了m6A新功能---調控染色質狀態和轉錄預示m6A等RNA修飾將仍然是目前最為熱門的科研方向。m6A甲基化與mRNA關聯分析案例一：非洲爪蟾睪丸組織中m6A甲基化圖譜發表
Science：全基因組測序探究瘧疾傳播機制
近日，發表在國際雜志Science上的一篇研究論文中，來自加拿大西蒙弗雷澤大學等處的研究人員對可傳播瘧疾的16種按蚊進行了遺傳測序，從而為揭示人類為何對其易感提供了新的思路和線索。 文章中，研究者Cedric Chauve表示，我們利用計算機方法來重新構建蚊子祖先的基因組，并且分析在過去1億年
5篇m6A甲基化文章教你如何使用純測序數據得高分
文章導讀 2019年m6A修飾曾創下單月發表100+篇10分影響因子文章佳話。2020年1月17日何川教授團隊最新Science揭示了m6A新功能---調控染色質狀態和轉錄預示m6A等RNA修飾將仍然是目前最為熱門的科研方向。 云序生物是國內最早提供m6A測序的科研平臺，也是客戶發表
HPV全轉錄組測序技術可實現癌前病變與基因分型雙檢測
宮頸癌位列女性惡性腫瘤發病率的第2位。據世界衛生組織（WHO）報道，每年約有新增病例53萬，其中發展中國家占80％。目前，宮頸癌和癌前病變的最佳檢測方法是組織活檢，但這種檢測不僅昂貴而且是侵入性的。雖然科學家也開發了一些侵入性小的診斷方法，但往往不夠準確或無法預測癌前病變。截止到目前，有16種高風險
非編碼RNA(ncRNA)在前列腺癌發生發展中的作用機制
人類基因組計劃的研究結果顯示, 僅有2.5萬~3萬個蛋白質編碼基因, 占總基因組序列不到3%, 其余基因組序列轉錄產生的RNA都是非編碼RNA(non-coding RNA, ncRNA). ncRNA與惡性腫瘤發生發展關系密切. 近年來, 關于ncRNA中的長鏈非編碼RN(lncRNA)以及環
從表達譜至海綿機制完美進階－環狀RNA測序加機制研究！
禽白血病病毒J亞群(ALV-J)屬于逆轉錄病毒屬，慢病毒亞科的家族成員，可引起禽類多種腫瘤性疾病，如骨髓細胞瘤、肉瘤、血管瘤、腎腫瘤和成紅細胞增多癥，以及禽類骨髓白血病，導致受感染雞的高死亡很率。該分散的ALV-J菌株分布廣泛，既能水平傳播又能垂直傳播，往往造成禽類養殖領域的巨大經濟損失。目前我
花生轉錄組denovo測序揭示果針發育相關的功能基因
近日，由廣東省農業科學院作物研究所梁炫強研究員、陳小平博士，山東省農業科學院花生研究所所長禹山林研究員及國際半干旱熱帶作物研究所(ICRISAT)基因組中心負責人Rajeev Kumar Varshney等完成的花生轉錄組de novo測序的結果發表于Plant Biotechnology
Cell新突破：CRISPR技術助力轉錄調控研究
CRISPRs 技術成為了最近的新寵兒，這種基因組編輯技術更易于操作，也具有更強的擴展性，近期來自加州大學舊金山分校，伯克利分校等處的研究人員發表了題為 “CRISPR-Mediated Modular RNA-Guided Regulation of Transcription in
腦創傷外泌體環狀RNA的鑒定功能及預測
近期，云序生物客戶天津醫科大學總醫院張建寧教授帶領的神經創傷團隊針對大腦創傷的研究。該課題組集合了外泌體和環狀RNA兩大科研熱點，應用云序生物提供的全轉錄組測序服務，僅通過大腦創傷外泌體中環狀RNA表達譜研究就成功地于今年年初在《Journal of Neurotrauma》（影響因子5.19）
全基因組測序揭示蒙古族遺傳結構
內蒙古民族大學生命科學學院白海花團隊對175名蒙古人進行了全基因組測序，從而揭示了蒙古族的遺傳結構。11月6日，相關成果發表于《自然—遺傳學》。 歷史上，蒙古族的統治疆域曾北至俄羅斯的西伯利亞，南至中國南海，東北至黑龍江，西南至緬甸泰國境內，蒙古族民眾也因此四散各地。不過，對于蒙古族人如何影響
全基因組測序揭示蒙古族遺傳結構
內蒙古民族大學生命科學學院白海花團隊對175名蒙古人進行了全基因組測序，從而揭示了蒙古族的遺傳結構。11月6日，相關成果發表于《自然—遺傳學》。 歷史上，蒙古族的統治疆域曾北至俄羅斯的西伯利亞，南至中國南海，東北至黑龍江，西南至緬甸泰國境內，蒙古族民眾也因此四散各地。不過，對于蒙古族人如何影響其他
全基因組測序揭示肝癌相關基因突變
由亞洲癌癥研究組織(ACRG)、深圳華大基因研究院等多家單位合作完成的與肝細胞癌相關的基因突變研究成果于2013年6月20日在《基因組研究》(Genome Research)雜志上發表。這是繼2012年3月份在《自然-遺傳學》上發表的乙肝病毒整合機制研究之后，該研究團隊在肝癌研究中所取得的又
科學家揭示內含子來源環形RNA新分子及轉錄調控功能機制
9月27日，國際學術期刊《分子細胞》(Molecular Cell)發表了中科院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲組與計算生物學所楊力組的最新合作研究論文，發現來源于基因內含子區域的環形RNA新分子，揭示其成環機制及在基因轉錄調控中的重要功能。 眾所周知，人類基因組中存
環狀RNA研究文章匯總（一）
環狀RNA“一站式”服務一直以來是云序生物的主打產品，嚴格的質控把關、嚴謹的實驗設計、出色的生信分析以及貼心的售后服務造就了多項世界首篇環狀RNA研究文章，受到了廣大客戶的一致好評。迄今為止，云序已經積累了超過10000例環狀RNA測序的經驗，樣本覆蓋20多個物種以及50多種疾病，客戶發表文章達20
分子植物卓越中心揭示抗鋁毒轉錄因子調控機制
10月21日，中國科學院分子植物科學卓越創新中心上海植物逆境生物學研究中心研究員黃朝鋒研究組在Plant Cell上在線發表題為Regulation of Aluminum-Resistance in Arabidopsis Involves the SUMOylation of the Zin
全基因組測序解讀重要甲基化機制
DNA看起來只是AGTC四種堿基的簡單排列，可一旦它與組蛋白包裝形成染色質，情況就復雜得多了。組蛋白主要有四種，分別是H2A、H2B、H3和H4。這些組蛋白要么令DNA盤繞起來保持沉默，要么將DNA解開允許基因表達。組蛋白上的化學修飾(如甲基化)，能夠影響它對基因的控制。 H3K4me3是
腦創傷外泌體環狀RNA的鑒定功能及預測
近期，云序生物客戶天津醫科大學總醫院張建寧教授帶領的神經創傷團隊針對大腦創傷的研究。該課題組集合了外泌體和環狀RNA兩大科研熱點，應用云序生物提供的全轉錄組測序服務，僅通過大腦創傷外泌體中環狀RNA表達譜研究就成功地于今年年初在《Journal of Neurotrauma》（影響因子5.19）
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
乳腺癌全轉錄組關聯分析發現新的風險基因
美國范德堡大學和澳大利亞昆士蘭醫學研究所（QIMR Berghofer）領導的研究團隊利用全轉錄組關聯分析方法，找到與乳腺癌存在明顯關聯的48個基因。這項成果于6月18日發表在《Nature Genetics》上。 研究人員利用近12.3萬名乳腺癌患者和近10.6萬名對照的遺傳預測基因表達譜
中海大：測序與芯片揭示miRNA調控海參夏眠機制
海參（Apostichopus japonicus），是生活在海邊至海底8000米的海洋棘皮動物，以海底藻類和浮游生物為食。當夏季來臨，上層海水由于太陽光強烈照射，溫度上升。此時，海底的小生物都浮到海面，進行一年一度的大量求食和繁殖。而留在海底的海參，迫于夏季食物中斷，進入夏眠，此時，其基礎代謝
新突破！掌上測序儀首次完成人類全基因組測序
最近，英國牛津大學（Oxford University）Wellcome Trust人類遺傳學中心（Wellcome Trust Centre for Human Genetics）和在基因組分析領域領先的英國公司Genomics plc宣布，首次使用掌上納米孔測序儀完成了多個人類全基因組測序和
斑馬魚全腦轉錄圖譜揭示神經元表型分子調控規則
12月13日，eLife在線發表題為The landscape of regulatory genes in brain-wide neuronal phenotypes of a vertebrate brain的研究論文，該研究由中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心（神經科學研究所）、神經