Nature公布新興測序技術繪制的人類組織RNA多樣性
由紐約基因組中心和布羅德研究所的科學家完成了一項對人類組織中RNA多樣性的研究，最近發表在Nature雜志上。當遺傳密碼轉錄成RNA時，一個基因通常會產生幾種不同形式的RNA分子，或具有不同功能的轉錄本。雖然這一現象幾十年來一直為人所知，但人類轉錄本的目錄仍然不完整。“我們配備了最新的測序技術，能夠讀取超過1000個核苷酸片段，相比之下，標準方法只能讀取不到100個，”該項目負責人之一、曾在布羅德研究所(Broad Institute)擔任博士后的Beryl Cummings博士描述道:“重要的是，我們能夠從許多組織中提取80多個樣本，這導致了數以萬計的新轉錄本的發現。”研究人員利用他們的數據來描述遺傳和環境差異如何在轉錄組差異中表現出來。“個體之間的基因差異會影響基因的調控。我們能夠比以前更精確地描述轉錄結構是如何受到影響的。這有助于理解導致疾病風險的變異的分子基礎”。“我們相信我們的發現、數據和工具為轉錄組研究的新時代鋪平了......閱讀全文
Cell：RNA機器如何越過基因組障礙
曾幾何時，科學家們認為，RNA聚合酶——通過將DNA轉錄成RNA開啟蛋白質合成的分子，就像一個發條玩具那樣工作：它置于我們DNA中的一個起始位點上，一直穩步急速運作，抽出一個RNA拷貝，直到它到達停靠位置。延伸閱讀：單細胞RNA-seq實現細胞空間定位。 最近，科學家們意識到，他們沒有給予RN
從總－RNA－中除去基因組－DNA－實驗
為了進行 FDD 基因表達的分析，以及使用任何其他基于 RNA 的基因表達技術，在反轉錄合成單鏈 cDNA 和后續的 PCR 操作之前，必須除掉污染的基因組 DNA。本實驗來源于 PCR 實驗指南（第二版），作者：種康，瞿禮嘉。試劑、試劑盒變性（甲醛)瓊脂糖凝膠瓊脂糖蒸餾水甲醛蒸餾水乙醇甲醛MOPS
從總－RNA－中除去基因組－DNA－實驗
從總 RNA 中除去基因組 DNA 實驗 ? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 變性（甲醛)瓊脂糖凝膠 瓊脂糖 蒸餾
從總－RNA－中除去基因組－DNA－實驗
試劑、試劑盒?變性（甲醛)瓊脂糖凝膠瓊脂糖蒸餾水甲醛蒸餾水乙醇 甲醛MOPS 緩沖液乙二胺四乙酸MOPS乙酸鈉酚 氯仿（3:1) 溶液氯仿液體酚Tris-HCl電泳緩沖液儀器、耗材?離心機和轉頭離心管配膠板微波爐實驗步驟 一、材料1. 緩沖液、溶液和試劑變性（甲醛)瓊脂糖凝膠（配制過程見第 18步）
Nature發布大型全基因組RNA分析研究
由來自賓夕法尼亞州立大學的化學家和植物生物學家領導的一個研究小組開發出了一種分子技術，將有助于科學團體以從前不可能達到的規模，來分析在基因表達調控中起重要作用的分子。 科學家們開發出了一種方法，能夠更精確預測在活細胞內核糖核酸分子(RNAs)的折疊情況，由此闡明植物以及其他的活體生物對環境
植物基因組DNA及總RNA提取技術2
（二）植物總RNA提取?（1）65°C水浴中預熱15 mL CTAB提取液。?（2）液氮中研磨2～3 g新鮮或-70°C冷凍的材料。?（3）轉移樣品至有CTAB提取液的離心管中，立即激烈渦旋30s，短時放回 65°C水浴中（4～5 min）。?（4）加入等體積的氯仿/異戊醇并渦旋混合，10000 r
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
植物基因組DNA及總RNA提取技術1
幼嫩組織的細胞處于旺盛的分裂階段，核較大而胞質較少，核酸濃度高，且內含物少、次生代謝產物少，蛋白質及多糖類物質相對較少，在SDS或 CTAB物質存在時，經機械研磨，使細胞破裂并釋放出內含物，提取的DNA、RNA的產量高，純度好。?提取DNA所用的提取液、吸頭、離心管等需要高壓滅菌以滅活DNase。R
概述RNA噬菌體的基因組結構和功能
研究最清楚的大腸桿菌RNA噬菌體是MS2，R17，f2和Qβ。它們的基因組小，只有3600到4200個核苷酸，包含四個基因。MS2.R17和f2具有幾乎一樣的基因組結構。在四個基因中有兩個基因編碼噬菌體的結構蛋白：一個是A蛋白的基因，長1178個核苷酸。A蛋白（稱為成熟蛋白）的功能是使噬菌體能識
基因組分析揭示等位基因特異RNA編輯現象
核糖核酸（RNA）編輯是RNA水平一種常見的修飾，是增加基因轉錄和功能多樣性的重要形式。17日，來自中科院昆明動物研究所的消息，由張亞平院士領導的、多個研究機構加盟的團隊，在等位基因特異的RNA編輯研究上取得了重要進展。 中科院昆明動物研究所周中銀博士介紹，對二倍體生物來說，雖然兩個等位基因的
基因組分析揭示等位基因特異RNA編輯現象
核糖核酸（RNA）編輯是RNA水平一種常見的修飾，是增加基因轉錄和功能多樣性的重要形式。17日，來自中科院昆明動物研究所的消息，由張亞平院士領導的、多個研究機構加盟的團隊，在等位基因特異的RNA編輯研究上取得了重要進展。 中科院昆明動物研究所周中銀博士介紹，對二倍體生物來說，雖然兩個等位基
中心體“RNA基因組”的重大發現
基因組是有編碼蛋白質的DNA組成，但是細胞核的一個關鍵部分還有一種特有的基因組，它由RNA構成，而RNA通常是從基因到蛋白質的中介物——這意味著這種奇怪的實體可能是RNA世界的一個分子遺跡，它先于DNA的進化并使人們更加相信生命最初依賴于RNA的假說。????RNA存在于中心體（centrosom
HIV基因組為什么會有兩條RNA鏈
HIV基因組為什么會有兩條RNA鏈HIV屬逆轉錄病毒科慢病毒屬。為逆轉錄RNA病毒。形狀為圓形或桿狀，直徑100～140nm.1.HIV的結構蛋白：①包膜蛋白：含外膜蛋白和跨膜蛋白，信號肽。②核心蛋白：在細胞內合成，包括p24、pl7和pl2三種結構蛋白、RNA逆轉錄酶、蛋白酶和整合酶。2.HlV基
提取的基因組DNA有RNA－污染如何解決？
得到的基因組在進行常規下游實驗如，PCR、酶切、分子雜交等生物學實驗時如不能順利進行，主要因為DNA 樣品不純，含有蛋白、有機溶劑和鹽類等雜質影響內切酶或DNA 聚合酶的活性。 1)實驗過程中沒有有效使用RNase A，應嚴格按照實驗要求進行。 2)RNase A失活： RNase A應
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
單細胞基因組測序測的是什么dna還是rna
深度測序的read指的是高通量中雙端測序得到的一條條序列，如測序前將dna打成小的片段，測序是從這個片段的兩端測的，即會產生兩條reads。至于是mapping到基因組還是dna基因組，這要看你做什么了，一般基因組是指生物個體的全基因組。并不是所有測序都要rna反轉，這其實要看你想做什么分析，如做轉
基因組所發表長非編碼RNA分類問題綜述文章
近日，中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室的“百人計劃”研究員章張及其團隊，與沙特阿卜杜拉國王科技大學(King Abdullah University of Science and Technology)開展科研合作，對長非編碼RNA的分類問題進行了系統綜述，相關論文在RN
怎么樣在RNA提取時避免基因組的污染
260/280的比值可以判斷比較嚴重的基因組污染。也可以通過跑瓊脂糖膠看加樣孔里亮不亮作為一個參考依據。其實一般很難保證RNA沒有基因組污染的，特別是加入氯仿后的劇烈震蕩會促進dna溶解到水相里，后面就很難分離了。有些許的基因組污染的樣品也能夠滿足大部分的實驗要求。所以在rt-pcr等試驗中才要求設
北京基因組所發表RNA甲基化新發現
在分子生物學的中心法則中，遺傳信息從DNA、RNA最后流向蛋白。基因組DNA和組蛋白上都存在可逆的表觀遺傳學修飾，這些修飾可以在不改變DNA序列的基礎上調控基因的表達，并由此決定細胞的分化和發育情況。實際上，mRNA和其他RNA上也存在類似的調控機制。 N6-methyladenosine（m
Nature子刊：非編碼RNA癌癥藥物基因組圖譜新突破
近日，匹茲堡大學藥物遺傳研究中心的楊達和張敏課題組借力于一種名為彈性網絡回歸（Elastic Net regression）的機器學習模型，從1,001個腫瘤細胞系的高通量長非編碼RNA表達譜（long noncoding RNAs, lncRNAs）與265種抗癌藥物敏感性數據中，挖掘出了27
病毒基因組DNA/RNA提取試劑盒使用說明
病毒基因組DNA/RNA提取試劑盒一、簡介病毒總核酸提取試劑盒適合于從血清、血漿、組織勻漿等樣品中提取病毒總核酸。試劑盒基于硅膠柱純化技術，提取過程中無需使用有毒的酚氯仿抽提，也無需進行耗時的醇類沉淀。該產品已經成功地提取了乙肝A/C、丙肝、以及諾如病毒標準品等的核酸。獲得的DNA/RNA可直接用于
寨卡病毒基因組RNA結構與感染性的關系
? ? ? ? 2018年11月21日，清華大學生命科學學院張強鋒課題組、藥學院譚旭課題組在《細胞宿主與微生物》（Cell Host & Mircobe）期刊在線發表題為《寨卡病毒基因組RNA結構的綜合分析揭示了病毒感染性的關鍵決定因素》（Integrative Analysis of
細胞表面RNA分子由細胞核內的基因組編碼產生
人類細胞的外表面上有很多不同的蛋白質、脂質、糖蛋白。然而除了這些已知類型的分子，近日科學家們發現，人類細胞的外表面還穩定附著了一類過去鮮有人知的RNA分子。??????? 加州大學圣地亞哥分校（UCSD）鐘聲教授與其合作者張良方教授、陳真教授共同的研究團隊，利用專門開發的檢測和測序技術鑒定出，這類細
Cell新發現：意料不到的保護“裸露”基因組的RNA
2015年，來自冷泉港實驗室的Andrea Schorn和Rob Martienssen等人發現了Piwi系統的一個重要奧秘：它們能利用一種蛋白質將細胞的基因沉默機器引導到了基因組中的正確位點，使得它能夠讓轉座子失活，且不會干擾生物體自身的基因。從中他們指出，胚胎基因組之所以不會受到攻擊是因為小
北京基因組所揭示RNA甲基化調控基因剪接機制
中國科學院北京基因組研究所精準基因組醫學重點實驗室及遺傳與發育協同創新中心楊運桂課題組在研究m6A甲基化修飾調節mRNA選擇性剪接規律過程中，發現了讀碼器YTHDC1通過招募前體mRNA剪接因子SRSF3同時抑制剪接因子SRSF10與RNA的結合，促進外顯子被保留的分子機制。該研究結果于2016
科學研究！新冠病毒RNA是否能夠整合進宿主基因組？
新型冠狀病毒SARS-CoV-2是造成COVID-19在全球范圍肆虐的病因。該病毒為一種單股正鏈RNA病毒，具有高傳染性特性，能夠感染人體各代謝系統的多種組織器官，并引發嚴重的臨床癥狀，深入研究新冠病毒基因組RNA的特性十分必要。 2021年8月2日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中
病毒蛋白與基因組RNA－構筑DNA蛋白復合結構多級可控構筑
生物大分子在自然進化中發展出一套獨特的“自下而上”自組裝方式進行各種復合結構的可控裝配，為多功能生物納米材料的加工制備提供了絕佳范例。其中，核酸-蛋白質納米復合體系的可控構筑，不僅將實現生物學上兩種基本組裝模式的有效結合，以提供愈加復雜的生物結構模板，還有助于體內生物大分子相互作用的深入理解，對
基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展
2014年1月，中國科學院北京基因組研究所基因組變異與精準生物醫學實驗室“百人計劃”研究員楊運桂研究組，與中國科學院動物研究所“百人計劃”研究員劉峰研究組合作開展的“m6A甲基轉移酶復合物鑒定”研究，發現了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
新型冠狀病毒RNA不具備整合進宿主基因組的能力
?????? SARS-CoV-2是一種具有高度傳播性的單股正鏈RNA病毒，是COVID-19嚴重流行的病因。SARS-CoV-2具備高傳染性特性，并通過侵犯多器官系統而引起嚴重臨床癥狀。本研究聚焦新冠病毒RNA基因組是否整合到受其感染的宿主細胞基因組的可能性。?????? 2021年8月2日，中國