新型微生物群體單細胞分辨率高通量空間轉錄組分析技術
近日，美國加州理工學院研究團隊開發了一種新的高通量空間轉錄組成像方法——并行連續熒光原位雜交par-seqFISH（parallel sequential fluorescence in situ hybridization）技術，能夠在單細胞水平鑒定和觀察微生物基因表達譜和微尺度環境中的空間信息，同時利用成像系統對不同菌落核仁長度、染色體拷貝和核糖體水平等生長指標進行監測。 研究人員利用par-seqFISH對銅綠假單胞菌的生物膜形成過程進行了研究，證實其能夠解析菌群在浮游生長狀態下代謝和毒性相關基因轉錄水平的動態變化，以及固著生長過程（生物膜）中在空間水平上的代謝異質性，揭示了微生物種群在微環境空間中存在的復雜動態。研究結果表明par-seqFISH技術能夠為微生物動態變化與生長調控機制研究提供了新的工具，并為抗菌藥研發及抗生素耐藥性研究提供新的視角。 相關研究成果發表在《Science》雜志上，論文標題為“Spat......閱讀全文
新型微生物群體單細胞分辨率高通量空間轉錄組分析技術
近日，美國加州理工學院研究團隊開發了一種新的高通量空間轉錄組成像方法——并行連續熒光原位雜交par-seqFISH（parallel sequential fluorescence in situ hybridization）技術，能夠在單細胞水平鑒定和觀察微生物基因表達譜和微尺度環境中的空間信
美國繪制出小鼠全腦高分辨率單細胞空間轉錄組圖譜
美國麻省理工學院和布羅德研究所的科研人員繪制出小鼠全腦高分辨率單細胞空間轉錄組圖譜，為深入理解大腦結構與功能提供了重要基礎。該團隊基于109萬個高質量空間分辨單細胞基因表達定義出小鼠大腦更精細的組織區域，繪制出的大規模分子空間圖譜囊括了超100萬個細胞及其基因表達特征、空間坐標、分子細胞類型、分
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
科學家發表跨物種小腦皮層單細胞空間轉錄組圖譜
9月27日，《科學》（Science）在線發表了題為Cross-species single-cell spatial transcriptomic atlases of the cerebellar cortex的研究論文。該成果由中國科學院腦科學與智能技術卓越創新中心聯合杭州華大生命科學研究院、
利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴大腦皮層的細胞類型
闡明大腦皮層的細胞類型組成對于理解大腦結構和功能至關重要。中國科學院腦智卓越中心利用單細胞空間轉錄組揭示獼猴皮層的細胞類型。該研究成果于近日發表在《Cell》雜志上，題為：Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organizati
研究開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平臺
單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空
生物物理所開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平臺
單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
單細胞轉錄組制備儀的功能
fluidigm C1 單細胞自動制備儀用于 mRNA 測序 更完整的流程 ?-首尾相連的流程對單細胞進行全轉錄組分析 最高的通量 ?-每次運行可前所未有的平行處理 96 個單細胞 更容易的操作 ?-直接從單細胞開始，簡化的樣本制備，只需 3 小時手工操作時間，沒有 片段化和純化步驟 更節省的成
空間轉錄組學研究案例簡析
01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1]影響因子：11.878發表時間：2018.06發表期刊：Nat Commun腫瘤內異質性是當今癌癥治療中最大的挑戰之一。在這里，研究人員使用空間轉錄組學（ST）技術研究整個多灶性前列腺癌的全組織基因表達異質性。利用一種新的去卷積方法，分析12個區域的近6
家蠶絲腺單細胞轉錄組圖譜繪成
中新網重慶6月15日電 (記者 鐘旖)記者15日從家蠶基因組生物學國家重點實驗室(西南大學)獲悉，我國家蠶研究又有新進展。該實驗室徐漢福教授課題組近日在國際知名期刊Nature Communications《自然通訊》上發表相關主題研究論文，以單細胞分辨率揭示了家蠶絲腺的全細胞異質性及其基因轉
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞轉錄組重要研究文獻匯總（二）
4.單細胞轉錄組測序在植物領域嶄露頭角相比動物的單細胞研究，由于植物具有細胞壁的特點，使得植物的單細胞研究相比較難，但是繼2月份的擬南芥根組織單細胞轉錄組學研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又發表了一篇基于擬南芥根組織的單細胞轉錄組學研究報道[9]。來自德國圖賓根大學植
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞轉錄組重要研究文獻匯總（一）
1.單細胞測序用于生殖領域研究持續火熱精子生成過程是一個復雜又具有嚴格分化過程的生理過程，繼18年10月份《Cell Research》上的成年人睪丸轉錄組圖譜研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生與成年人睪丸細胞單細胞水平鑒定分類[2]的步伐，本月在《Nature
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序技術如何提升時空分辨率？
單細胞測序技術可以通過以下幾種方法來提升時空分辨率：改進樣本處理和標記技術開發更精細的組織切片和細胞捕獲方法，例如使用激光捕獲顯微切割（LCM）技術精確獲取特定區域的細胞。采用新型的熒光標記或同位素標記策略，對細胞進行時空特異性標記。結合空間轉錄組學技術如使用空間條形碼（Spatial Barcod
如何在單細胞分辨率下制造組織
最近在高分辨率生物制造(如單細胞水平)方面的進展極大地提高了生物制造的能力，為組織工程開辟了新的途徑。然而，目前還缺乏一篇全面的綜述，概述了各種生物制造技術(超越生物打印)，這些技術可以實現單細胞分辨率(超越單細胞操作)，但涵蓋了生物醫學中的應用。來自清華大學的科學家們提供了一個視角來回顧單細胞分辨
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat C
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
2018年新技術：空間轉錄組學技術
——也許不久的將來，定位組織中的基因表達就會成為一種常規技術了。 對于基因表達研究來說，空間一直都是具有挑戰性的前沿研究領域。但是隨著越來越多的研究人員獲得了技術進展，這已經不再是令人望而生畏的領域了。這些方法的多樣性和創造性使其成為一個值得關注的技術方向。 空間基因表達對于理解組織中細胞的
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
前沿：空間轉錄組學研究案例簡析
上一期，我們介紹了空間轉錄組測序產品，對于它的優勢和特點進行了總結。這么一款優秀產品，用起來到底好不好使呢？我們從現有在疾病研究中發表文章略窺一二。 01空間轉錄組研究解析前列腺癌異質性特征[1] 影響因子：11.878 發表時間：2018.06 發表期刊：Nat
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生物學數據集，
空間分辨率的概念及計算公式
PPD?(Pixels Per Degree) 角分辨率 或稱 空間分辨率，指視場角中的平均每 1° 夾角內填充的像素點的數量。對于頭戴顯示類產品（如 VR眼鏡、VR一體機、頭戴影院、頭戴 AR 等），PPD 數值越大，就說明對細節的顯示越精細，用戶對顯示畫面的感受就越清晰。不同于手機屏幕用 PPI
高通量單細胞轉錄組測序發展與展望
單細胞轉錄組測序技術這幾年的發展之快，運用之廣已眾所周知。為更好的在國內推廣該技術，也為更好的將該技術運用到廣大科研工作者的實際工作中，上海生物芯片有限公司生物信息團隊通過對該技術的整理和歸納，在《生命科學》雜志上發表了名為“高通量單細胞轉錄組測序發展與展望”綜述文章，希望能進一步提升科研工作者對該
玉米單細胞轉錄組測序，11種細胞類型
近日，廣東省科學院南繁種業研究所生物育種研究室在玉米單細胞轉錄組測序研究方面取得新進展。相關研究在線發表于《作物學報》（The Crop Journal）。廣東省科學院南繁種業研究所李旭輝博士為該論文第一作者，齊永文研究員為通訊作者。玉米是全球重要的糧食和能源作物，而其產量形成的基礎依賴其特殊的根系